目前，蔡宝昌教授主持国家“十五”重大攻关项目“
中药饮片
炮制规范化
研究”和国家财政部重大科技专项“通塞脉微丸的
研究与开发”、国家自然科学基金“马钱子靶向制剂的研制”和“麸炒山药
炮制机理的
研究”等6项国家级、部、省级课题的
研究。近年来在国内外相关药学杂志上发表论文100多篇，主编与副主编《海洋药物的
研究与开发》、《
中药工程学》等著作5部。
蔡宝昌性格开朗，平时总带着微笑。作为南京
中医药大学副校长，采访的原定内容是如何进行精品学科建设，发挥高校在科研中的优势。可是随着话题的不断深入，记者却被蔡宝昌独特曲折的经历深深吸引，采访也不由得“跑了题”。
常说“天将降大任于斯人也，必先苦其心志，劳其筋骨，饿其体肤”。这话屡经引用，虽然显得没有新意，但对于蔡宝昌走过的历程，却是再合适不过的了。由于出身“不好”，1968年，刚刚初中毕业的蔡宝昌就被发配到江苏南通插队。16岁的孩子，一米六几的个子，百十来斤的身板，却是什么脏活、重活、累活都干了，挖沟、插秧、挑粪等，一年365天，只要能支撑，一天都顾不得休息。住在一个不足10平方米的矮茅草屋，床两头分别是鸡窝和猪圈，生活苦累且不说，还被人瞧不起，说就凭他这种出身，参军、当干部没指望，招工没盼头，大学上不成，连找老婆都非常困难。
可是蔡宝昌偏不信这个邪，他坚信，只要自己努力，就是当一辈子农民，也可以有出息。于是在别的知青抽烟、喝酒、怨天尤人的时候，蔡宝昌却在挤时间学习初中二、三年级、高中课程以及农业
技术，愣是从一个被人家瞧不起的“黑七类”变成了生产能手、电工、拖拉机手，最后还成了村办小厂的厂长……
1975年，作为“可以教育好的子女”，蔡宝昌被推荐考大学。南通县140多万人，57个公社，每个公社推荐1个人，57人中选出7个人，从中再确定一人。百万分之一的几率，蔡宝昌硬是脱颖而出，
考试合格，走进了南京
中医药大学中药系的大门，实现了他人生的第一次转折。
在大学里勤奋刻苦的学习使蔡宝昌第二次脱颖而出，毕业留校后，还是助教的他就已经当上了系副主任，这在当时的全国高校中独一无二。一次，日本著名的生药学家难波恒雄教授来南京中医药大学进行学术交流，蔡宝昌的一篇论文引起了他的重视，于是他邀请蔡宝昌到日本进行学术交流。命运的大门第三次向蔡宝昌打开了。
1988年，蔡宝昌前往日本国立富山医科药科大学进行学术交流，并工作了一段时间，看着众多学弟学妹们孜孜不倦求学的身影，他继续深造获取博士学位的梦想再次被激发了。在选择研究方向时，导师的意见是他应该选择一个在日本比较热门的药物来进行研究，这样容易获得资助，研究会轻松得多。可蔡宝昌的想法却并非如此，他希望利用日本先进的实验条件来研究传统中药的炮制机理，揭开古老炮制工艺的神秘面纱。为此，他选择了炮制减毒很有代表性的马钱子作为自己的研究方向。马钱子在日本是冷门，只是作为健胃剂并很少有人用这味药物，导师虽然最终同意了他的选题，但条件是：没有生活费，一切开销自己解决!无奈之下，已经36岁的蔡宝昌开始了极其艰难的求学之路。
从1988年到1996年的8年间，他先后两次赴日本，共用4年时间做完了别人要花6～7年才能完成的研究工作，更何况他研究的是“苦中之苦”的炮制，其枯燥与艰辛更是难以想象!“肯钻、敢拼，要有坚韧不拔的信心”是蔡宝昌对自己那段日子的总结与评价。经常在实验室钻研到晚上10点再去打工到凌晨一两点，第二天早上仍争取第一个进实验室。马钱子的炮制对温度要求非常高，在温度超过变化中性质生变的临界点后，将会有许多种成分同时发生变化，为了摸清这前后20多种成分的变化和规律，他从160℃至260℃进行了无数次试验，同时分析了26种成分的变化，从炮制前后的马钱子中提取分离了6种新化合物并系统地进行了化学、药理、毒理、细胞和分子生物学研究，终于阐明了马钱子炮制的机理。坚守着自己对
中药炮制的热爱和信仰，蔡宝昌几年如一日，靠吃药
治疗由于紧张学习引起的严重胃病及面神经瘫痪、甲状腺炎等，以惊人的毅力完成了学业，如愿以偿地获得了日本国立富山医科药科大学药学博士学位，而那时，他已经44岁了。
在蔡宝昌拿到博士学位的当天下午，由150多位熟悉他艰难求学的日本人自发组成的庆功团专门为他举行了祝贺仪式，这些人中不乏议会议员、著名教授、知名人士及资助他完成学业的日中友好协会的朋友等。富山县(相当于
中国的省)知事还特别授予他“名誉大使”称号，这在该县历史上是第一次。几家制药公司以优厚的待遇希望他留在日本工作，都被他婉言谢绝了。在拿到博士学位的第二天，他满怀深情地回到了思念已久的祖国。
1998～1999年，蔡宝昌以科技人员的身份，持工作签证
